Как вести несколько проектов в одном аккаунте?

В целом, никто не запрещает добавить разные тренинги и аккуратно следить за доступами к ним, чтобы аудитории не пересекались. Аналогично со всеми системными штуками - проверять сегменты в рассылках, процессах и тд. Можно привязать разные домены для разных аудиторий.

Но вот адрес отправки писем, название аккаунта, логотип/фавикон - одинаковые для всего аккаунта. Отделы поддержки также. И можно выбрать только один системный домен - именно с ним будут отправляться все системные письма/уведомления, это может быть неудобно для учеников и для вас. Вот тут есть статья https://getcourse.ru/blog/466376

Аналогично для сотрудников - база заказов, пользователей будет одна, может быть неудобно для отдела/отделов продаж.

Возможно, всё же лучше убедить владельца вести два разных проекта в разных аккаунтах.